Desde a sua génese que a Fundação Santo António se preocupou com a formação dos cidadãos das comunidades que serve. A promoção de Formação Profissional com recursos financeiros provenientes de fundos comunitários tem acontecido ao longo dos anos, constituindo mais uma oportunidade no combate à exclusão. Esta formação, especialmente dirigida a públicos desfavorecidos, mas também para os colaboradores e voluntários da Instituição, tem variado muito ao longo dos anos em conformidade com as determinações dos diversos os quadros comunitários de apoio. Além deste tipo de Formação Profissional, a Fundação Santo António tem proporcionado formação profissional em contexto real de trabalho a inúmeros estagiários do ensino secundário, de empresas de formação, de entidades do ensino superior, que ao longo dos anos passam pelas estruturas da Instituição.